「耶穌是誰？」是整部約翰福音重中之重。尼哥德慕和耶穌的對話是其中一個例子「拉比，我們知道你是由上帝那裏來作老師的。」（約3:2）這句話不但表達了尼哥德慕眼中所認識的耶穌，也代表了在他周圍都有不少與他同樣思想的人。從經文中我們看到原本是耶穌和尼哥德慕的個人對話，後來卻從「我」與「你」變成「我們」與「你們」的對話（約3:11-12），足以反映當時猶太人中間確實有像尼哥德慕一樣，心裏相信耶穌，但口裏卻不敢承認耶穌為主。有聖經學者稱他們為「匿名的基督徒」（anonymous Christians）。他們心裏確實相信耶穌是「從上帝那裏來的」，因為見過耶穌所行的神蹟 （約2:23），正如尼哥德慕說：「若沒有上帝同在，無人能行。」（2節）然而他們心裏又浮現出一份疑惑：究竟耶穌是不是以色列人一直等待要來的那位像摩西一樣的先知呢？（申18:16-18）所以他們還是把耶穌當成「老師」吧！對於以約翰為首的基督徒群體，這等於把耶穌看成「人」（humanity），還未接納他是上帝的兒子，具有上帝的位格（divinity）。我們不難看到當耶穌說到自己，都會用上「人子」這個稱謂（14節）。「人子」原是猶太人對「自己」的稱呼，即「我」的意思，可是在約翰福音裏，「人子」這個稱謂已不再是一種謙卑的自稱，而是帶有特別的神學意義：耶穌正是舊約先知所預言，那位永遠帶着權柄、榮耀，和國度的審判者 （但7:13-14）。就在這個背景下，耶穌便用上摩西在曠野舉起火蛇的故事（民21:4-9），引證自己正是那位道成了肉身的「人子」。摩西舉蛇的故事本身就是關乎上帝的懲罰與拯救。以色列人在曠野多番激起上帝的怒氣，因為自離開埃及，入曠野，他們便在路上不斷向上帝和摩西發怨言，說：「你們為甚麼把我們從埃及領上來，使我們死在曠野。」（民21:4-5）上帝因此懲罰他們，直到摩西向上帝禱告，懇求寬恕，上帝才命他造一條火蛇，掛在杆子上，使凡看見的都能存活。火蛇被掛上就成了耶穌用來預言自己將要同樣地被「舉起」（exaltation），但意義卻大有不同。首先，「舉起」所指的是耶穌自己要被掛在十字架這塊木頭上，代表他為救贖而作出的犧牲和所承受的苦難，但卻能「使一切信他的人都得永生。」（15節）這永生有別於摩西所造的火蛇，人望見它得存活，這是事實，但都只能使人存活多一點日子，最終還是會面對死亡這個人人都不能逃避的現實。這又正好說明了火蛇本身並沒有拯救的能力，拯救人的只有上帝，而且只有上帝才能賜予生命。耶穌有別於火蛇，他是「道」，是上帝的兒子，因此他具有拯救的能力；他同樣地被「舉起」，掛在十字架上，但卻能使信他的人得「永生」─死亡再不能轄制人。第二、「舉起」所指的，是耶穌要被提至天上，回到上帝榮耀的國度裏（腓2:6-12）。福音書作者運用了這段對話，是要向尼哥德慕等「匿名的基督徒」申明一個事實：耶穌豈是一個人而已？他是那位要來施行審判的「人子」，是成了肉身的「道」，是從上帝那裏被差下來的兒子（16節），他要被提升，返回天父的家裏。約翰福音沒有像其他福音書記載有關耶穌升天的事，卻從經文所蘊含的神學意義中表達了這個意思。還有重要的一點：耶穌說到永生是要給「一切信他的人」。「一切」這個字的原文pas有解作「每一位」（every）或「所有」（all）的意思，因此永生不再是以色列人作為上帝的選民所獨有；得救贖不再是某個種族群體的專利，得救與否取決於人的「信」或「不信」。而「不信」，英文是unbelief，有別於not believe，即「不去相信」，所指的並不是腦筋上的活動，而是對上帝的一種取態。其實「不信」的人同樣認識上帝，與「信」的人同樣知道上帝對他們的召喚，只是前者刻意逃避上帝，選擇不去接納上帝，甚至漠視上帝，行上帝不喜悅的事。約翰福音的序言裏已清楚表明了這種「不信」的取態：「那光是真光……他來到自己的地方，自己的人卻不接納他。」（約1:10-11）這解釋了為何耶穌說：「信他的人不被定罪；不信的人已經被定罪了。」（18節）定他們罪的不是耶穌；他是本着愛「世人」─原文kosmos是世界─才來到我們中間（16節），不是為要定人的罪，可是「光來到世上，世人因自己的行為是惡的，不愛光，倒愛黑暗，這就定了他們的罪。」（19節）因此定人罪的是人自己，他們認識上帝，但卻漠視上帝的存在，選擇「不信」，罪就因此臨到他們身上。