要明白約翰福音第三章，就要明白何謂「重生」。原文希臘文的「重生」由兩個字組成，“γεννηθῇ”和“ἄνωθεν”。“γεννηθῇ”的意思是出生，使生產，而 ἄνωθεν” 則有兩個意思，第一個是「從天上」另一個意思是「重頭」，而明顯地第三至第四節的誤會，就是由這兩個意思的各自表述而來。耶穌在第三節的提出了重生這概念，而第四節尼哥德慕則理解為進母腹生出來，即是「重頭而生」之意，之後第五節耶穌再回應他指的不是這樣的「重生」，而是「從靈而生」即從上帝那裏來之意。而真正從天上而生的其實只有一位，就是13節裏提到的那從天降下的人子，亦即是主耶穌基督。真正使人得以重生的關鍵是在於那被舉起來的人子。
人子要如蛇在曠野被摩西舉起，讓人回想到民數記二十一章的記載。在4節到9節的記載中，講述以色列人向摩西發怨言後，上主便派火蛇進入百姓當中去咬他們。以色列人中有許多死亡。摩西見狀就向上主禱告，耶和華便命令摩西造一條銅蛇，掛在杆上。被蛇咬的人只要一見這像就可以存活。有聖經學者認為約翰福音第三章14節的重點在於蛇與人子的對比，見人子就如見蛇，只要願意看見，就得以存活。「看見」是約翰福音中的一個核心概念。約翰福音第九章記述，當生來瞎眼的回復視力後，耶穌就明確告訴他：「你已經看見了人子」，之後這人便承認耶穌為主並拜他，可是在旁的法利賽人有視力卻「看不見」。約翰福音二十章亦提到那位耶穌所愛的門徒，到了耶穌的墳墓，他「看見」就信了。
被舉起來，按創世記四十章，亦帶有兩種意思。創世記第四十章記述到約瑟為兩名囚犯解夢。無論是司酒長的夢抑或是司膳長的夢，摩西的解釋都是「法老要讓你抬起頭來」（或直譯為「舉起你的頭來」）。雖然兩個意思相同，但其中一個是要讓他恢復職位，另一個則是要他身首異處掛在木架上。因此人子被舉起，亦可同時解作得到原有的榮耀以及和受害被殺。福音書的作者或許想告訴大家，人子並非透過死亡後的復活才能得到他的榮耀，而是死亡和榮耀本是同一件事，一個硬幣的兩面。
上帝把人子舉起來，要回應的是人是否願意看見。16節表達了上帝對人的作為和是否得救是需要人的回應。「上帝愛世人，甚至將他獨一的兒子賜給他們」這是上主的作為，然而他發出了呼喚，人是否願意藉這獨一兒子而信，是一切的人都必須作的決定。17節指出上帝不是要定世人的罪，彷彿給讀者的印象是滿有憐憫，然而在沒有讀到的第18節，經文說「信他的人不被定罪；不信的人已經被定罪了，因為他不信上帝獨一兒子的名。」這裏說明到人不被定罪是關乎於人的信，上帝不會刻意定人的罪，但若然那人見了人子，但不願意相信的，他的罪就已經被定了。因此耶穌基督的來臨於猶太人來說已經是一個審判。此刻你如何回應這位從天而來的上主，就是你的審判。
然而信的過程是需要時間的。尼哥德慕在第三章似乎未能完全理解，但他沒有因此就離開耶穌，他一直伴隨着耶穌，嘗試去了解他。在七章50節裏，他為耶穌講話，要聽耶穌本人的口供，查明他所做的事才可定罪。最後在十九章39節，當他確實「看見」耶穌的死亡和榮耀後，他就親手埋葬了耶穌。今日，我們已經看見了耶穌在死亡中所彰顯的榮耀，你又會選擇信抑或不信呢？或許對信徒而言，更深的提問是，我們作為基督的跟從者，我們又是否願意學效他在生命中彰顯上主的榮耀呢？