本主日福音經課選自約翰福音，是由本主日到聖靈降臨日中主日經課中13篇約翰福音的第一篇，亦是我們一段很熟悉的經文，從中我們聽到耶穌向一位猶太宗教領袖說出永恆和豐盛的生命是從上而來的恩典，而不是從成就、文獻和證據。從經文的開始，就介紹了一位人物—尼哥德慕（3:1-2），簡短的介紹：敘述他是夜裏來見耶穌，象徵他仍活在黑暗和無知之中，然而，他對耶穌講第一句話，令讀者感受到他對信仰的真誠，努力尋求認識上帝，明白上帝的旨意，更對耶穌的身份和工作有一定的認識。強調上帝是在耶穌那邊，他說，「拉比，我們知道你是由上帝那裏來作老師的；因為你所行的神蹟，若沒有上帝同在，無人能行。」而耶穌的回答亦是無人能見上帝的國，除非他能「重生」，重生這字的希臘文（a`nwqen）可以有二重的意義：「新的」和「從上」的意思。
故然，尼哥德慕是以人的經驗和知識去理解「重生」，就是再一次出生，而耶穌強調若不是從水和聖靈生的，就不能進入上帝的國；這裏許多人都以水和聖靈是代表聖洗禮，但亦有一批學者以「水」代表肉身出生時的胎水，而聖靈則代表了屬靈生命。尼哥德慕的困難就是他被困於肉身生命的身份，只有亞伯拉罕的子孫才可進入上帝的救恩，那就是上帝立約的子民，而耶穌強調是一種從上而來的新的生命，是從聖靈而來的生命，這樣耶穌宣告了以西結書36:25-27：「我（耶和華）必灑清水在你們身上，你們就潔淨了……我也要賜給你們一顆新心，將新靈放在你們裏面」—先知預言實現的新世代的開始。
然而，尼哥德慕一時間仍未能打開疑團：「怎麼能有這些事呢？」（3:4）而耶穌再次澄清他的意思，指出尼哥德慕乃是從人肉身存在的世界來看重生，而耶穌則強調是從靈而來，乃是從上而來，他用了一個雙重的意義，靈（pneuma）亦可作風的意思，去說明這個從靈而來的新生命，是完全出於上帝的恩典和奧秘，上帝的自主。尼哥德慕在整段對話的最後一句：「怎麼能有這些事嗎？」是一條問題或是一句感嘆的認信？
及後（11-12節），就成了一段轉接的句子，從耶穌以自己第一身作開始，而轉第一身眾數「我們」向第二身眾數「你們」的說話，其中象徵了新的基督信仰群體向舊的信徒群體—猶太人作見證，挑戰他們對傳統猶太信仰的認識。而13-15節則成了從上而來的啟示的闡釋，耶穌強調人子的獨一和惟一能把天上的事物完完全全啟示的上帝的兒子，而這啟示的高峰乃是當人子被「舉起」的時候，既是耶穌的受死，釘在十字架的時候，亦是得榮耀的時候；而當人子被高舉時，所帶出不單超越摩西在曠野的神蹟：「你要造一條火蛇，掛在杆子上。凡被咬的，一望這蛇就必存活。」（民數記21:8-9），令人肉身存活得醫治，更帶來永遠的生命。
16-21節可以看為這救贖工作的解釋，當中16-17節亦帶出另一個約翰福音的主題—「愛」，就是出於上帝完全的愛，他差遣他的兒子來到世間，這救贖的恩典卻不是作為審判的工具，而人受到審判乃是在乎他是否願意接受或拒絕這份完全的救恩；而信耶穌才會帶來真正的自由，當人拒絕耶穌時，他仍活在黑暗、死亡和咒詛中，審判的時刻不是要等到末日，而是此時此刻，故此，信徒是每時每刻都面對這個抉擇和挑戰。
在大齋期的時刻，尼哥德慕這個角色給我們看到自己，許多時我們都知道和聽到耶穌的教導，知識上認識他的作為，但我們卻沒有一份從上而來的新生命，仍以物質世界許多的價值和經驗，以自己的看法去理解信仰，只停留在半信半疑的境況中，不能去把生命建立在信仰上，以聖靈的啟迪去認識自己，遊走於光明與黑暗當中。